公积金住房贷款和商业银行住房贷款的主要区别如下：
1）住房公积金贷款利率比商业银行住房贷款利率低，五年（含五年）以下公积金贷款年利率为4.14%，商业银行1-3年（含3年）为5.427%，3-5年（含五年）为5.508%；五年以上住房公积金贷款年利率为4.59%，商业银行同期个人住房贷款利率为5.751%。
2）贷款对象的条件要求不同，公积金贷款对象需如果在住房公积金中心缴存人；商业住房贷款不需如果公积金缴存人。
3）对单笔贷款额度规定不同，一般来说，商业银行住房贷款对单笔贷款额度没有规定；而目前公积金贷款规定在郊区购房的双职工同时缴存住房公积金的，贷款额度不超过20万元，单职工缴存住房公积金的，贷款额度不超过10万元；在县购房的双职工同时缴存住房公积金的，贷款额度不超过12万元，单职工缴存住房公积金的，贷款额度不超过6万元。本金不变 利率下调
4）对单笔贷款最长贷款年限规定不同，商业银行住房贷款对单笔贷款最长贷款年限规定为不超过30年（实际操作中基本控制在20年以内）；而目前公积金贷款规定郊区最长贷款年限为20年，县最长贷款年限为15年。
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